Illumina发布SpliceAI2：罕见病队列中优先识别的疾病相关剪接变异较其他模型多17%

10月8日，Illumina（NASDAQ: ILMN）发布SpliceAI2，用于预测DNA变异会怎样影响RNA splicing（RNA剪接）。公司称，在罕见病数据集中，SpliceAI2识别出的疾病相关剪接变异比其他模型多17%；在预测splice site usage（剪接位点使用量）时，性能提高34%。

RNA剪接可以理解成给基因信息“剪片”。DNA先生成RNA，细胞再把不同片段重新拼接，最终形成制造蛋白质所需的信息。如果某个基因变异让剪接过程出错，就可能产生异常蛋白，进而导致疾病。

SpliceAI2相比初代SpliceAI，训练数据规模扩大到约100倍。Illumina披露，新模型使用了超过31万个RNA-seq（RNA测序）样本，覆盖10个物种和数千万个剪接连接位点，同时加入long-read sequencing（长读长测序）数据，用来学习更完整的RNA转录本结构。

这类能力对罕见病尤其重要。很多致病变异并不直接改变蛋白编码区域。相反，它们藏在intron（内含子）等更难解释的位置。SpliceAI2如果能更准确地判断这些变异是否会扰乱RNA剪接，就有机会帮助研究人员更快缩小致病变异范围，也能为遗传性肿瘤研究和RNA药物靶点筛选提供线索。

不过，目前最主要的性能数字仍来自Illumina自身发布和同期预印本。虽然测试使用了多个独立数据集，但这些结果还没有经过完整同行评议，更不能直接说明SpliceAI2已经提高了罕见病最终诊断率或RNA药物研发成功率。

本次升级更值得关注的是，基因组AI开始从“判断一个变异有没有影响”，转向“预测这个变异会把RNA剪成什么样”。如果后续独立研究能复现这些结果，SpliceAI2会成为罕见病解释和RNA药物研究里更实用的一层筛选工具。

参考资料

[1] ILLUMINA. Illumina releases SpliceAI2 to help advance rare disease research[EB/OL]. (2026-10-08)[2026-10-09].

[2] ILLUMINA. Introducing SpliceAI2: The Next Generation of Splicing and Transcript Isoform Prediction[EB/OL]. (2026-10-08)[2026-10-09].